WordPressは世界中の愛好家たちによって開発が進められ、最新のUPDATEやアナウンスはhttp://wordpress.org/に掲載されています。
このサイトは一般にWordPress本家等と呼ばれ、ここからダウンロードできる日本語版はWordPress日本語版と呼ばれています。
一方、元々英語圏向きに開発されたWordPressの日本語版が正式に利用できなかった時に、日本の有志が英語以外の言語でも利用できるように開発を進めたのが、WordPressME(マルチリンガルエディション)で、WordPress Japanにおいて配布されています。(080331に閉鎖されました。)
この多国語化は当然ほかの多くの国からも要望がでて、現在では58カ国語のDLが可能となっております。
多言語化において大きな役割を担ってきたMEですが、本家でWordPressが日本語化された現在ではその役割を終えたと言えます。
08年2月現在WordPress本家のバージョンは2.3.3、MEは2.2.3とバージョンアップは遅れています。WordPress本家のリリースを見ても解るとおり、緊急のセキュリティ対応はMEで反映されていませんし、いくつかのバグの修正も出来ていません。
現在流通している書籍等では、MEのインストールを紹介しているものが多いですが、私としては、WordPress日本語版を利用することを推奨致します。
日本語版とMEの詳細なスペックの違いはWordPress パッケージ比較にもありますのでご確認ください。
通常の使用であれば、ダッシュボードの「WordPress 開発ブログ」が英語となっている程度でどちらも同じように使いますので、本家とかMEをあまり意識しなくてもいいレベルです。
(詳細にはいろいろ異なりますが、対応できるレベルです)